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El ex consejero Antonio Fernández fue, junto al fallecido Javier Guerrero, uno de los pocos dirigentes socialistas que llegó a entrar en prisión preventiva durante la instrucción del caso ERE por parte de la juez Mercedes Alaya, que siempre vio en él a uno de los muñidores del procedimiento que permitió el saqueo (entre 2000 y 2009) de los fondos que la Junta detraía cada año del presupuesto general para auxiliar a empresas y trabajadores en crisis.
Con su firma y la del ex consejero de José Antonio Viera se creó en julio de 2001 el "convenio marco" que permitía eludir toda la fiscalización previa de las ayudas. De alguna manera, ambos fueron los padres de ese fondo especial habilitado en los presupuestos de la Junta de Andalucía (primero fue el programa 22E y después el 31L) al que Guerrero se refirió ante la policía como un "fondo de reptiles", una denominación que inmediatamente hizo fortuna en las crónicas periodísticas de aquellos primeros años de investigación. Esa definición sigue siendo a día de hoy una de las maneras más gráficas y acertadas de ilustrar qué objeto tenía ese fondo especial y cómo se gestionó por parte de los responsables socialistas de la Consejería de Empleo.
El 17 de julio de 2001, Antonio Fernández era presidente Instituto de Fomento de Andalucía (IFA) y como tal estampó su firma en el documento que también rubricó el entonces consejero de Empleo, José Antonio Viera. Con aquel convenio se estableció un modelo de gestión para las ayudas extraordinarias que básicamente consistía en transferir al IFA una serie de fondos para que fuera este ente instrumental el que abonara los pagos, evitando así todos los controles y fiscalización previos que hubieran sido necesarios de hacerse los abonos de forma directa. Los responsables de Empleo decidían a quién se concedían las ayudas de forma discrecional y arbitraria y el IFA (que más tarde se convertiría en la Agencia IDEA) las abonaba. Posteriormente, a partir del año 2002, esa misma fórmula se trasladó a la Ley de Presupuestos. El objetivo confesable del uso de ese "procedimiento específico" era el de "agilizar" las ayudas en un momento económico delicado para las empresas. Pero, forma parte de los hechos probados en la sentencia firme del Tribunal Supremo (hechos no refutados por el Tribunal Constitucional) que el procedimiento se diseñó después de que los interventores de la Junta hubieran señalado en varios informes el incumplimiento de los requisitos establecidos en la Ley de Subvenciones para las ayudas concedidas a empresas en los años precedentes (2000 y 2001). Desactivar esos controles fue la manera rápida y eficaz de "agilizar" las subvenciones. Y, sin fiscalización previa alguna, el reparto de los fondos acabó convertido en una suerte de "barra libre".
Fernández fue nombrado consejero de Empleo en 2004 en sustitución de Viera. Su implicación en el desvío sistemático de los fondos es por tanto directa durante toda la década investigada. De hecho, la tesis más benévola del gran escándalo de corrupción ha sido siempre la que circunscribe la responsabilidad penal y política a los que entonces tenían alguna responsabilidad en la Consejería de Empleo. Y esa tesis parece que se ha apuntado el Tribunal Constitucional, exonerando de alguna u otra manera al resto de altos cargos.
Su vínculo con el caso ERE tuvo también una derivada personal. De hecho, su nombre llegó a figurar como beneficiario en el expediente de la ayuda concedida por la Junta a la empresa González Byass, de la que Fernández había sido trabajador durante la primera etapa de su vida laboral y hasta entrar en política. Un error de transcripción en la póliza hizo que su fecha de nacimiento apareciera como fecha de ingreso en la compañía jerezana, lo que dio lugar a un chascarrillo durante la instrucción entre los abogados de la acusación. De ahí el apelativo de "consejero nacido para el ERE" que se usó frecuentemente en las crónicas. Los papeles demostraron que Fernández había contemplado la posibilidad de acogerse a los beneficios del ERE subvencionado por la Junta en la que él mismo era alto cargo. Pero, finalmente, su nombre se eliminó del listado definitivo incluido en el expediente y, por tanto, no llegó a cobrar ninguna cantidad.
Antonio Fernández fue condenado a 7 años y 11 meses de prisión y 19 años y 6 meses de inhabilitación absoluta por prevaricación y malversación. Actualmente está en prisión y, a diferencia de lo ocurrido con sus compañeros de banquillo Carmen Martínez Aguayo, Francisco Vallejo o Miguel Ángel Serrano (para los que se ha dictado orden de puesta en libertad inmediata), Fernández seguirá de momento en la cárcel.
Antonio Fernández cuenta ya con otra condena en una de las piezas desgajadas de la macrocausa de los ERE. En enero de 2022, la Sección Tercera de la Audiencia de Sevilla lo condenó a siete años y un día de cárcel en el marco de la pieza separada por las ayudas por valor de 2,9 millones concedidas a la empresa Aceitunas y Conservas (Acyco). Durante este juicio, celebrado a finales de 2020, Antonio Fernández hizo uso al derecho a la última palabra: «A pesar de llevar diez años en esta situación, sigo creyendo en la Justicia».